Nordflåten har fem baser på Kolahalvøya, fra Zapadnaja Litsa i vest til Gremikha i øst (se kart). Ved de forskjellige basene ligger det både operative ubåter og fartøy som er tatt ut av drift. Det er også flere midlertidige lager for atomavfall ved disse basene.

Radioaktivt avfall
Ved de forskjellige basene og skipsverftene ligger det minimum 21.000 m3 fast og 10.000 m3 flytende radioaktivt avfall. Lagringskapasiteten for radio­aktivt avfall er sprengt og tilstanden ved lagrene er dårlige. Det finnes ikke et sentralt lager eller deponi i regionen for det radioaktive avfallet.

Brukt atombrensel
Nordflåtens største lager for brukt atombrensel ligger ved Zapadnaja Litsa i Andrjevabukten, omtrent55 km fra grensen til Norge. Til sammen er det lagret omtrent 21.000 brukte brenselselementer. Dette tilsvarer brenselet fra 90 ubåtreaktorer. Brenselet er provisorisk lagret i betongtanker som er i svært dårlig forfatning. En del av brenselselementene er også lagret ute i friluft. Det finnes også et mindre lager for brukt brensel i Gremikha.
I utgangspunktet skal det brukte brenselet transporteres til anlegg i Mayak. Ved disse anleggene reprosesseres brenselet, dvs at det uranet i det brukte brenselet skilles ut og brukes på nytt. Disse anleggene har siden starten i 1948 bidratt til radioaktiv foruren­sing av store områder på grunn av ulykker og regulære utslipp.Kondemnering av atomubåter

Frem til nå er rundt 200 av de totalt 249 atomubåter som er bygget, tatt ut av tjeneste i den russiske marine. For tiden ligger rundt 50 atomubåter i opplag ved Nordflåtens forskjellig baser, de fleste med brukt atombrensel om bord.
Opphuggingen av disse ubåtene og reaktorene skal skje på to steder; ved reparasjonsverftet i Severodvinsk og ved Nerpaverftet ytterst i Murmanskfjorden.
Severodvinsk ble grunnlagt etter et dekret av Josef Stalin i 1936. Det er for tiden 240 000 innbyggere i denne byen, som er lukket for utlendinger. I byen er det to ubåtverft, ett for bygging av atomubåter og ett for reparasjon og skifte av atombrensel.
Uttak av brensel skjer i nærheten av boligblokker, nærmere enn det som er fastsatt i russiske prosedyrer. Over 40 prosent av alt radioaktivt avfall (i volum) som genereres fra den russiske flåten kommer fra verftene i Severodvinsk.

Midlertidige løsninger
For å løse de akutte lagerproblemene, både for det radioaktive avfallet og det brukte brenselet, vil det måtte bygges et sentralt, midlertidig lager som kan lagre avfallet og det brukte brenselet på en sikker måte de neste 50 årene. Dette vil bedre Russlands situasjon, slik at de selv blir i stand til å utvikle endelige løsninger på disse problemene.

Ulykker
1961 og frem til i dag har det vært en rekke ulykker med atomubåtene i Nordflåten. Flesteparten av ulykken har skjedd mens ubåtene har vært på oppdrag, men noen av ulykken har skjedd under bytte av brensel eller reparasjoner.

Blant de seneste ulykkene finner atomubåten Kursk som sank etter en eksplosjon i sine egne torpedoer den 12. august 2000, og drepte hele mannskapet på 118. Ubåten ble senere brakt til overflaten og dekommisjonert.

I august 2003 sank ubåten K-159 under et slep fra Gremikha til opphugging i Poljarnyj i Murmanskfjorden. Av mannskapet på 10, døde 9, etter at ubåten sank under en storm ytterst i Murmanskfjorden.