Vannet er et svært godt spredningsmedium og skjellene blir eksponert for en hærskare av mikroorganismer i sjøvannet. Skjellenes sanseapparat er godt tilpasset partikler og kontinuerlig vannstrøm. Som alle andre dyr kan også skjell bli syke. Østers er særlig utsatt.

Virus
Virus er så små at det er umulig å få øye på dem i mikroskop. Dette gjør diagnosen svært krevende. Virus er den mest kompliserte gruppen av sykdomsfremkallende organismer. Mange virus har evne til å muttere hyppig. Derfor kan virus lett tilpasse seg sitt miljø.

Herpes: Det er de siste årene dukket opp betydelige problemer som ser ut til å kunne kobles opp mot herpes og herpeslignende virus på skjell. Infiserte skjellarver stanser veksten etter noen dager. Det er ikke mulig å bestemme om et parti yngel er virusfri. Herpes-virus ser ut til å være svært utbredt. For alt vi vet kan viruset være nærværende alle steder i skjell, men en langvarig evolusjon har gjort at virus og verten er tilpasset hverandre. I så fall oppstår problemene som følge av ubalanse mellom virus og vert. Eller skjellene svekkes av andre faktorer som stress. Dersom en går ut fra at norske skjell er fri for viruset, er enhver import av yngel en potensiell risiko for innførsel av herpes.

Gjellesyke: Denne sykdommen skader gjellene og har ørt til at den portugisiske østersen døde nesten helt ut rundt 1970-tallet. I Frankrike og Spania er denne type østers helt utdødd. Forskerne fant først ut av sykdommen etter at østersen var borte. Under sykdomsforløpet fant de et iridovirus som regnes som årsaken til gjellesyke.

Østers-velum virose: Sykdommen er forårsaket av et iridovius. Den kan forårsake høy dødelighet hos larver, og er kun påvist hos stillehavsøsters i klekkerier i Washington, USA. Ettersom det drives utstrakt flytting med larver av denne arten, er det sannsynlig at sykdommen finnes andre steder uten å bli rapportert.

Bakteriesykdommer
I de aller leste tilfellene er skjellene i stand til å takle bakterier. Problemet kommer som følge av ekstra hissige bakteriearter. Bakterier skader ved å produsere giftstoffer i skjellvevet. Det største problemet innenfor skjelldyrking er oftest at larver og yngel dør. Enkelte bakterier kan også ta knekken på voksne skjell. Eksempel på det siste er "Brovn rings disease" som angriper teppeskjell. I 1987 ble det oppdaget massedød å et dyrkingsfelt i Frankrike. Skjellene hadde en brun ring på innsiden av skallet. Sykdommen har også vært i Spania og Italia.

Vibriose: Hos larver og yngel er bakterien Vibrio det største problemet. Vibriose er et problem i skjellklekkerier verden over.

Andre bakteriesykdommer er infeksjoner med Richetsiae som bryter ned store deler av gjellevevet og Nocardiose som får skjellene til å svekkes og gape.

Soppsykdommer
Den viktigste soppsykdommen som er påvist er den såkalte skallsyken, "shell disease." Soppen er funnet i hjerteskjell og ulike østersarter, men rammer først og fremst flatøsters. Skallsyke regnes som årsak til en rekke dødeligheter av østers gjennom 1800 og 1900-tallet.

Encellede parasitter
De fleste sykdommene som gir skjellnæringen problemer er forårsaket av encellede parasitter. Bonamiose er en slik sykdom som har rammet flatøsters flere steder i Europa.

Microcytose: gir høyest dødelighet hos østers ved kalde sjøtemperaturer.

Marteiliose: er først og fremst østers-sykdom, men også funnet i blåskjell, hjerteskjell, teppeskjell og oskjell. Syke østers blir avmagret og bleike.