Som en følge av blant annet Bellonas aksjon i oktober 1999, ble IFE pålagt av Statens Strålevern å fjerne de radioaktivt forurensede sedimentene som stammer fra utslippene av radioaktivt avfall til Nitelva. En av de viktigste årsaken til pålegget er at det området i Nitelva som er mest forurenset ligger tørrlagt deler av året og er dermed tilgjengelig for folk. Dette er et brudd på utslippskonsesjonen, noe som medførte at IFE i mars fikk en bot på 300.000 kroner av Økokrim etter at forholdet ble anmeldt til politiet av Bellona. Fristen for å fjerne de forurensede sedimentene er satt til 1. juni 2000.

Arbeidet med å fjerne de radioaktive sedimentene startet siste uke av mars. I følge pålegget fra Statens Strålevern skal Nitelva etter opprensingen ikke inneholde sedimenter hvor forurensingen av plutonium og americium overstiger 10 Bq/kg. Foreløpige beregninger viser at nærmere 120 kubikkmeter med sedimenter må fjernes for å nå dette kravet. Arbeidet med oppgravingen vil koste IFE minst 2 millioner kroner.

De radioaktive sedimentene vil bli fraktet til IFEs anlegg på Kjeller for videre bearbeidelse og innstøping. Etter dette vil de innstøpte sedimentene bli fraktet til det kombinerte lageret og deponiet for lav- og mellomaktivt radioaktivt avfall i Himdalen. Kostnadene for dette arbeidet er ikke kjent.

Det er satt som krav fra Statens Strålevern at fjerningen av sedimentene ikke skal føre til ytterlig forurensing av miljøet. I tillegg skal IFE hindre adgang for uvedkommende til området døgnet rundt, mens opprydningsarbeidet pågår.