Europaparlamentet diskuterte og stemte over mer enn 100 endringsforslag til Europakommisjonens utkast til EU-direktiv om handel med utslippskvoter. Avstemningen ga overveldende flertall på flere kontroversielle områder.

Obligatorisk deltakelse med kompromiss
Deltakelse i kvotehandlessytemet er obligatorisk, men med begrensede muligheter fram til 2008. Det innebærer at medlemsland kan søke om å ekskludere enkeltinstallasjoner fra deltakelse i kvotehandelssystemet fram til 31. desember 2007. Ved innvilgelse skal da de enkelte installasjonene begrense sine utslipp tilsvarende som hvis de deltok i systemet. (Amendment 50, Artikkel 23 a).

Allokering av utslippstillatelser
Det ble fattet beslutning om et delt system når det gjelder allokering av utslippstillatelser. Både for den første treårsperioden og for femårsperioden som begynner 1. januar, skal 15 % av utslippstillatelsene auksjoneres og 85 % deles ut gratis. Denne løsningen begrunnes bl.a. med at den både gir rom for nye etableringer samt at den belønner de som allerede har redusert utslippene sine. Løsningen gir heller ikke en stor økning i de totale kostnadene for europeisk industri (Amendment 102, Artikkel 10).

Kyoto-mekanismene
Med stort flertall ble det fra Europaparlamentets side fattet at grønn utviklingsmekanisme og felles gjennomføring ikke skal benyttes i den første virkeperioden til direktivet som begynner i 2005 og tidligst i 2008 (Ammendement 53, Artikkel 24 a). Og videre at opparbeidede utslippskvoter basert på disse mekanismene etter 2008 ikke skal inkludere karbonsluk eller energi basert på atomkraft.